朝鲜战争爆发后，占领军在行政机构、新闻界、产业界清除共产党。“全学联”发表非常事态宣言，反对战争，反对清除共产党，并举行抵制考试、罢课等活动，文部大臣被迫宣布放弃在校园清除共产党的措施。
在刚刚结束占领的1952年5月1日，为抗议片面媾和、反对政府制定《防止破坏活动法案》，“全学联”的学生、市民强行进入禁止使用的皇居前广场，与警察发生冲突。在冲突中有1200多人被捕，几十人受伤，两人死亡，其中一人是法政大学学生近藤居士，为战后学生运动中最初的牺牲者。
由于来自莫斯科共产党情报局的压力，日本共产党转向武装斗争。1952年6月，“全学联”第5届大会将武井昭夫等27名中央执行委员会委员撤职，组成新的领导机构。不少激进派学生离开校园，在农村发动群众进行反体制的暴力斗争，不仅遭到政府的镇压，而且也远离了国民，日本共产党丧失了国会中的全部席位。1955年7月，共产党再次转向和平斗争，对学生活动家打击沉重，无法重新适应校园生活。因此，1958年5月的“全学联”第11届大会作出“不信任日本共产党中央机构”的决议。日本共产党宣布其决议无效，并对香山健一等72名“全学联”领导机构成员实施纪律处分。香山健一、岛成郎等人干脆另起炉灶，组成“共产主义者同盟”（简称“共产同”），另外还有一个反对日本共产党的学生组织——“革命共产主义者同盟”（简称“革共同”），史称“新左翼”。1958年11月，“全学联”召开第13届大会，“革共同”掌握主导权，“全学联”与共产党脱离直接关系。